Las relaciones inter-institucionales del INBIOP actualmente se extienden a los ámbitos público y privado, entre los cuales se pueden mencionar:

La Agencia de Promoción Científica y Tecnológica, el Centro Argentino Brasilero de Biotecnología (CABBIO), el COFECyT, la Secretaría de Ciencia y Técnica e Innovación Productiva de Chubut, el Ministerio de Agricultura, Ganadería y Pesca de la Nación, el Municipio de Comodoro Rivadavia a través de la Agencia Comodoro Conocimiento, la empresa YPF a través de Y-TEC y de su sede en Comodoro Rivadavia, la Red Provincial de Desertificación de la Provincia del Chubut, el Parque Nacional Lago Puelo, el INTA Patagonia Sur, la Universidad Nacional de Misiones, la Universidad de Santander (España), la Universidad de Oregon de USA, la Universidad de Miami de USA, el Instituto Max Planck de Biogeoquímica de Jena (Alemania), entre otras.

El INBIOP también constituye un espacio de articulación y formación de recursos humanos a nivel de posgrado, a través del desarrollo de trabajos de tesis de doctorado y del dictado de cursos de posgrado. La infraestructura y equipamiento existentes sirven también como espacio para el desarrollo de pasantías y tesinas de grado para alumnos de la UNPSJB y de otras Universidades del país.